Указом Президиума Верховного совета СССР от 13.08.1944 № 118/77 «Об образовании Томской области в составе РСФСР» была утверждена Томская область.

В сентябре 1944 года в составе Томского облисполкома был образован финансовый отдел. В его структуру входили:

• бюджетный отдел;

• главная бухгалтерия по бюджету;

• отделы финансирования народного хозяйства, государственных доходов, налогов и сборов, штатный, по выдаче государственных пособий многодетным и одиноким матерям;

• бухгалтерия.

Функции отдела включали составление областного бюджета, осуществление проверок и рассмотрение финансовых смет учреждений и организаций, контроль за местными финансовыми учреждениями, решение налоговых вопросов и ведение валютных операций

К началу 1970–х гг. ликвидированы отделы: налогов и сборов, финансирования народного хозяйства, выдачи госпособий, главная бухгалтерия по бюджету. Созданы отделы финансирования: местной промышленности, сельского хозяйства, жилищно–коммунального хозяйства, торговли и бытового обслуживания; контрольно–ревизионное управление.

В 1978 г. создан отдел финансирования социального обеспечения.

Решением Томского облисполкома от 5 октября 1982 года №220 финансовый отдел был преобразован в финансовое управление Томского облисполкома.

В 1986 году в составе управления упразднили отдел финансирования сельского хозяйства и создали отдел финансирования агропромышленного комплекса.

В 1988 году вместо отраслевых отделов финансирования создали отделы финансов отраслей народного хозяйства и агропромышленного комплекса, а также отдел финансирования аппарата управления.

Отдел государственных доходов переименован в отдел государственных доходов, налогов и товаров народного потребления (ликвидирован в 1990 г.).

После событий 1991 года финансовое управление Томского облисполкома было ликвидировано, а его функции переданы финансовому управлению Администрации Томской области. Переименование произошло на основании постановления главы администрации Томской области от 12 февраля 1992 года №37. В состав нового управления вошло Контрольно-ревизионное управление Минфина России по Томской области. 

Постановление главы администрации Томской области от 22 июля 1996 года №206 преобразовало финансовое управление в Департамент финансов Администрации Томской области. 

Постановлением главы администрации (губернатора) Томской области от 28 сентября 2006 года №92 Департамент финансов Администрации Томской области был переименован в Департамент финансов Томской области. 

Сегодня Департамент финансов Томской области является финансовым органом региона, его цель — эффективное управление региональными финансами и совершенствование межбюджетных отношений.